دوره آموزشی طراحی دارو و واکسن با رویکرد بیوانفورماتیک

کمپ بیوانفورماتیک نام مجموعه جوانی است که با هدف توسعه علم‌ بیوانفورماتیک تشکیل شده است. این مجموعه با تیم تحقیقاتی قوی و به‌روزی که دارد، دوره‌های آموزشی هوشمندانه‌ای طراحی می‌کند تا بتواند در گسترش علم بیوانفورماتیک قدم بردارد و افراد توانمند برای شغل‌های مدرن برای امروز و فردای کشور بسازد. در همین راستا کمپ بیوانفورماتیک تاکنون بیش از صدها نفر را به طور مستقیم و غیر مستقیم آموزش داده است. همچنین این کمپ با انجام پروژه‌‌های بیوانفورماتیکی‌ در تلاش است تا تحقیقات پژوهشی فرهیختگان کشور به خوبی پیش برده شود.

 

مسلما با به وجود اومدن ویروس کرونا اهمیت طراحی دارو و واکسن رو درک کردید. این روزها در اکثر کشورها دانشمندان این حوزه با برگزاری نمایشگاه‌ها و جلسات علمی درصدد دستیابی به ترکیبات شیمیایی موثر برای مقابله با عوامل بیماری‌زای مختلف هستند. همچنین چشم امید مردم دنیا به دست پژوهشگرانی است که در زمینه دارو و واکسن فعالیت می کنند. اما توجه کنید که پروسه‌ی طراحی دارو و واکسن یک پروسه زمان‌بر و هزینه‌بری است و برای طراحی یک ترکیب شیمیایی شاید نیازمند چند سال زمان و چندین میلیون دلار هزینه باشیم. اما نگران نباشید، برای اولین بار در تاریخ علم، بیوانفورماتیک در هر دو شاخه‌ی ذکر شده راه‌حل‌هایی را ارائه میدهد تا پژوهشگران این حوزه بتوانند با یک رویکرد جدید در زمینه طراحی دارو و واکسن فعالیت کنند. از اینرو کمپ بیوانفورماتیک، پیشتاز در آموزش بیوانفورماتیک در نظر دارد جدیدترین دوره‌ی طراحی دارو و واکسن خود را برگزار کند

نام دوره : طراحی دارو با رویکرد بیوانفورماتیکی
زمان برگزاری : ۲۵ دی ماه ۱۴۰۰
نحوه‌ی برگزاری : پکیج آموزش ویدیویی + پشتیبانی ۶ ماهه

در کارگاه طراحی دارو مباحث زیر را یاد خواهیم گرفت:

• پروسه طراحی تجربی دارو (یک دارو چه پروسه‌ای رو طی میکنه تا به داروخونه برسه؟)
• ما با علم بیوانفورماتیک چطور میتونیم تو پروسه طراحی دارو به داروساز کمک کنیم؟
• داده‌های دارویی رو از کجا دریافت کنیم؟ آشنایی با ژورنال‌های این حوزه
• آشنایی با مقالات این حوزه
• آشنایی با پایگاه‌داده‌های موجود برای دانلود ترکیبات دارویی
• با نرم‌افزارهای حوزه طراحی دارو به صورت عملی کار خواهیم کرد
• نرم‌افزار HyperChemچطور ساختار ترکیبات دارویی را داشته باشیم؟

HyperChem نرم افزاری حرفه ای به منظور مدل سازی مولکولی بوده که شیمیدان ها را قادر می سازد تا امور مختلفی که در گذشته بر روی کاغذ و یا به صورت دستی انجام میدادند را به صورت نرم افزاری و سه بعدی به انجام رسانند. کیفیت بالا، انعطاف پذیری و سادگی کار با این برنامه تجربه بسیار خوبی را برای کاربران ایجاد می نماید. قابلیت های سه بعدی و متحرک سازی در کنار محاسبات شیمیایی کوانتومی، مکانیک مولکولی، هایپرکم را به یک ابزار مدل سازی مولکولی بسیار قدرتمند برای شیمیدان ها و مهندسان شیمی تبدیل کرده است.

• چطور در ساختار ترکیبات دارویی تغییر ایجاد کنیم؟
• نرم‌افزار Dragon

نرم افزار Talete Dragon نرم افزار دراگون شیمی برای محاسبه و استخراج توصیف کننده و توصیف گرهای ولکولی که قادر به محاسبه بیش از ۱۴۰۰ توصیف کننده می باشد که به ۱۸ گروه اصلی تقسیم می شوند .

• چطور ویژگی موثر از ترکیبات داروویی استخراج کنیم؟
• نرم‌افزار Open Babel

Open Babel نرم افزاری قدرتمندی شامل ابزارهای متنوع برای کار با فایل های مختلف حاوی ساختار و اطلاعات شیمی و بیوشیمی است که امروزه مورد استفاده محققان زیادی قرار می گیرد.
این بسته امکان تبدیل فرمت، جستجو، آنالیز و ذخیره داده های مختلف مدلسازی مولکولی، شیمی، ساختارهای حالت جامد و بیوشیمی را فراهم می کند.

• پروسه یادگیری ماشین و هوش مصنوعی بررسی خواهد شد
• پیش پردازش داده‌ها
• اعمال مدل‌های بیوانفورماتیک d
• اعتبارسنجی
• نرم‌افزار Matlab

متلب نرم افزاری قوی برای دانشجویان و محققین رشته های ریاضی و مهندسی است که در جهت حل مسائل تئوری ماتریسها، جبر خطی و آنالیز عددی ساخته شده و امروزه صدها هزار کاربر دانشگاهی، آکادمیک، صنعتی و … در زمینه های بسیار متنوع مهندسی نظیر ریاضیات پیشرفته، جبر خطی، مخابرات، مهندسی سیستم و … با MATLAB بعنوان یکی از اولین محیط های محاسباتی و تکنیکی که قادر به حل مسائل آنهاست، آشنا می شوند. ریاضیات، زبان مشترک بسیاری از علوم مهندسی است. ماتریس ها، معادلات دیفرانسیل، رشته های عددی اطلاعات، ترسیمات و گراف ها از لوازم اصلی بکار گرفته در ریاضیات و نیز در MATLAB هستند.
Matlab اکنون یک سیستم مؤثر و زبان برنامه نویسی بسیاری از محاسبات علمی و مهندسی است.

• مقدمه‌ای بر برنامه‌نویسی با متلب خواهیم داشت.
• و مطالب یادگرفته شده را از 0 تا 100 روی یک تارگت دارویی خاص پیاده خواهیم کرد.

 

در کارگاه طراحی واکسن این مباحث را یاد خواهیم گرفت:

• شناخت بیماری و سیستم ایمنی بدن
• مقدمه‌ای بر طراحی واکسن
• استخراج ژنوم میکروارگانیسم
• پیدا کردن ORF مربوط به توالی ژنوم
• مکان یابی پروتئین در سلول
• گریزی به تکنیک‌های یادگیری ماشینی خواهیم زد
• مفهوم سیگنال پپتید
• بررسی allergenicity، toxicity و immunogenicity
• بررسی همولوژی
• پیش‌بینی اپی‌توپ‌ها
• بررسی ویژگی اپی‌توپ‌ها و ساخت واکسن کاندید
• بررسی کیفیت واکسن طراحی شده

نحوه‌ی برگزاری دوره آموزشی طراحی دارو با رویکرد بیوانفورماتیکی

• دوستان عزیز توجه کنید که این دوره به شکل آموزش ویدیویی همراه با پشتیبانی 6 ماهه خواهد بود
• .روز قبل از تاریخی که بر روی پوستر ذکر شده با شما ارتباط گرفته و مطالب این دوره برای شما ارسال می شود.
• هر کجای کار هم که سوالی داشتید استاد کنار شما خواهد بود برای رفع اشکال, پرسش و پاسخ و تبادل نظر.
• توجه کنید که از تاریخ ذکر شده 24 ساعته به مطالب دوره دسترسی داشته و امکان پرسش و پاسخ فراهم خواهد بود.